行刑之时，京城果然发生地震，行刑因此而被耽搁，玄烨想借天怒之名赦免汤若望的死罪，孝庄也暗示辅臣予以大赦，辅臣不甘心因此功亏一篑，虽将汤若望一干人等罪刑减等，却毅然由斩首改判降为自缢，汉臣们对辅臣的做法怒不可遏，陷入绝望。玄烨也终于忍无可忍，决定最后放手一搏，想出制造天意假借天意之名以迷信对迷信，以其人之道还治其人之身，于是偷偷命人放火焚毁了坤宁宫，心知肚明的孝庄借机将辅臣的一意孤行痛斥一番，辅臣最终只得退让，赦免了汤若望。历时半年多之久的天算案终于了结。可惜饱尝牢狱之苦的汤若望加上重病在身，不多几日也辞世而去，玄烨对于孝庄在整件天算案中所表现出来的冷淡及其太皇太后身份下所掩饰的深不可测而与孝庄之间产生隔阂。