另一方面，正当守城官兵屈于边关兵马的威势而不得不开城门之时，玛尔赛突然倒戈背叛了鳌拜，将边关将领刺死，同时索额图带兵攻入紫禁城，与纳尔杜等人展开激战。此举令鳌拜也是大感意外，但事已至此无法回头的鳌拜不得不背水一战，意欲擒下玄烨，由此与玄烨曹寅及众布库展开了殊死一战。危急时刻，一旁的遏必隆使出致命一击，毫无防备的鳌拜顿时败于下风，不得不束手就擒。玄烨终于完全制服了鳌拜，至此，才开始了真正亲政的日子，手中牢牢掌握住了大权。总揽大权后的玄烨励精图志，制定了不少政策措施，同时还为明史案，天算案，圈地案及苏克萨哈平反。在乾清宫中，玄烨更是将河务、漕运、三藩视为三件头等重要的大事，写于柱子之上。聚忠作为玄烨的军师兼好友也是尽心尽力辅佐玄烨。此时，三藩之一的平南王尚可喜上奏请求撤藩，引起聚忠的忌虑，玄烨对此避而不谈。事实上，玄烨一直与安亲王秘密商议撤藩之事。玄烨在第二日早朝之时宣布答应尚可喜的撤藩请求，令朝中大臣们议论纷纷。此时得知消息的吴三桂和耿精忠也上奏请求撤藩。擒鳌拜事之后的遏必隆被贬官，落魄之时受到玄烨的格外关切，还与皇帝赌了起来，但却意外地于当夜猝死。