周瑜的士兵见华佗带着一帮下人在练五禽戏，并将他们带到户外练习，于是准备向周瑜禀报，谁知此时周瑜正在议事，属下只得等在旁边。等周瑜议完事听了属下的汇报大发雷霆，赶紧派人追赶。此时华佗果然带着灵儿和天来逃跑，华佗准备渡江去曹营中治疗瘟疫。哪知天来突然打晕华佗并将他捆了起来。华佗苏醒后天来跪在他面前，他希望华佗原谅他的不得已行为，因为曹操与他有不共戴天之仇，自己又没有能力杀曹操，所以他不希望华佗去给曹营的官兵治病，哪怕将来曹操死后自己以命抵那些无辜官兵的性命。华佗说服不了天来急的正不知如何是好时，走散了的灵儿这时找到华佗和天来藏身的山洞，灵儿也支持华佗的观念，于是三人剧烈争执起来。争吵声惊动了正在树林巡逻的夏候勇，夏候勇看到天来正要杀他，华佗拼命救下天来。东吴的追兵也已赶来，夏候勇想带着华佗撤离。在与东吴追兵争斗间，天来和灵儿失足跌下山坡，夏候勇拼命救出了华佗。

华佗到了曹营，面对曹操还是他的那一番劝曹操不要杀戮的言辞。曹操为了治疗瘟疫让军营的太医们都到了议事大厅，结果华佗很直接的让吴成出去，自己不愿与他为伍，因为像他那种让病尸随江而下感染更多人的行为不仅没有医德连人性都没有了。吴成气的火冒三丈，无奈华佗坚持曹操支持，吴成只得悻悻而走。

曹营得瘟疫的官兵得到华佗的医治很快转危为安，众将士对华佗感恩戴德。这一次前方打仗受伤的士兵因重伤在华佗面前眼睁睁地死掉，再加上吴成的冷嘲热讽，华佗意识到自己改变不了时局，不能阻止杀戮，做不了苍生大医，内心非常失落。因为曹营里瘟疫已治好，华佗想离开曹营，曹操苦劝后称曹营中还有一人生病，所以他不能离开。

华佗在给病人刘二宝医治时，发现刘二宝其实没有病，原来他就是东吴刘奶奶的二儿子。他因大哥得瘟疫而死，家中老母无人奉养，所以才让华佗帮他装病想避开战争。吴成得知这个消息后向曹操告密，曹操对刘二宝临阵脱逃扰乱军心的行为大怒，他对刘二宝进行了严惩。华佗已对曹操彻底失望，于是离开了曹操准备回到家乡。

华佗回到家乡，看到了阔别已久的明心，明心面对华佗更是百感交集，两人泪如雨下。华佗见沸儿老是被别人欺负，于是教他学五禽戏强身健体。天来和灵儿准备回谯郡找华佗，两人走到城门口被守城侍卫追杀。他们最后跳入潭中才逃脱出来。