隐形航班中的神秘囚犯名叫西蒙，原是神秘组织管理者手下的得力干将，由于生性不服管教，被组织关押起来。迈克尔作为组织认定的西蒙的继任者，不仅档案中被加上了西蒙所犯的种种恶行，同时被列入黑名单，蒙受着不白之冤。

此次西蒙花大价钱越狱出来，以炸毁酒店为威胁，希望用迈克尔做诱饵，诱捕管理者，找回自己过去的生活。迈克尔联系到管理者之后，表示希望共同抓捕西蒙归案。然而管理者对西蒙的轻视使自己落入了西蒙手中，迈克尔不惜驾车与西蒙相撞，并在管理者再次表示接纳自己入伙的时候手下留情，没有杀死坑害自己的西蒙，希望借此打入神秘组织内部。

同时，联邦调查局警探为抓捕迈克尔，对其母玛德琳威逼利诱，并最终在街头将迈克尔和西蒙捕获。然而不久之后，几个神秘人物将迈克尔领走，联邦调查局也对此无能为力。迈克尔经过几番周折，最终摘下头套时，发现自己坐在一个陌生的房间内，不知道自己将面对的是什么样的未来。（第三季完）