约翰想着四年前的往事，独自陷入了沉思。曾经事美国军人的他，冒着生命危险，为国前往伊拉克驻兵，然而回国后，不仅没有得到应有的重视，还因为他那变种人的身份，而遭到路人的谩骂。就在他向同伴诉苦时，突然间发生了一场爆炸，是变种人大战就此展开。变故之后，变种人从此沦为被追捕的对象，约翰连仅有的尊严——自由都失去了。

克拉丽丝知道索尼娅改了自己的记忆后，心里一直耿耿于怀，她质问约翰到底心里是怎么想的，约翰回答得十分模棱两可。克拉丽丝本来心里对约翰就有好感，她问约翰，之前救自己的时候，是利用她的能力，把她当作万能开锁器，还是真心有为她着想。约翰的回答再一次让克拉丽丝伤透了心，约翰对克拉丽丝充满愧疚，却没有一丝情意。克拉丽丝一怒之下，离开了变种人地下基地。

脉冲的叛变让变种人组织十分在意，特勤局有能力让他们产生内讧，这当中一定有什么秘密。里德在脉冲的手臂上纹了一个图案，他认出了这个图案在巴顿鲁日的联邦大楼中看见过。为了查明真相，他决定联手和马可斯一起去一趟巴顿鲁日，找出特勤局让变种人内讧的秘密。里德的儿子安德鲁表示想跟着一起去，他的能力可以助马可斯和爸爸一臂之力。三人结伴，坐上了一辆伪装成运输农产品的卡车，向巴顿鲁日出发。

路上虽然遇到特勤局的临时检查，但三人合力，最后还是顺利到达了联邦大楼。他们成功潜入变种人对策负责人的办公室，把变种人的档案资料都拿到了手。然而，事情并未就此结束，特纳锲而不舍地追踪他们，根据蛛丝马迹，追到了巴顿鲁日。三人带着资料连忙逃跑，但在路上，特勤局火力全开，三人陷入了险境。

就在千钧一发之际，劳拉突然施展了控制空气的超能力，帮马可斯三人的卡车挡走了全部攻击。里德和儿子安然无恙地回到了凯特琳身边，马可斯也回到了洛娜身边，美美地睡了一觉。

然而，真正的战争现在才开始。特勤局让变种人叛变的真相尚未查清，克拉丽丝离开变种人组织后，去向不明。马可斯在结束了一连串的逃忙和战斗后，想着能平静一番，却接到了前女友、贩毒集团首领卡门的电话。卡门要求马可斯要还之前欠她的人情，她帮马可斯救了磁铁女，马可斯现在要替她办事，不然的话，卡门便把变种人组织的信息告诉特勤局。