只要接触到，就连精神也会被其侵蚀的第十六使徒，将绫波丽的零号机捕获，而明日香因为同步值低下而无法操作二号机。于是，元渡启动冻结中的初号机去为丽解围。但是，丽为了保护真嗣，开启了自爆程序与使徒同归于尽。而当真嗣正为此痛苦的时候，丽又出现在他面前…… 当夜，因被元渡出卖、意志消沉的律子，将真嗣与美里带到了制造丽的器械面前……