从德国的NERV第三支部，送来了EVA二号机。在担负护送任务的太平洋舰队，美里与真嗣一行初次面对第二适格者明日香，此外美里以往的恋人加持良治也同乘返回日本。途中，舰队遭到水中的第六使徒的攻击，明日香将真嗣拉入二号机驾驶舱后一同出击，但装配着无法进行水下攻击的B型装甲的二号机，很快就被使徒吞入口中。美里提出零距离射击计划，众人摆脱困境并将使徒歼灭……