纽约开往东京的客机突然坠毁。第一时间接到通报的CTU第一支部A班班长狮堂现马凭直觉感到此事与暗杀日本第一位女总理候选人朝仓丽的计划有关。他命令CTU的密码解析系长南条巧马上调查客机乘客的经历，但是南条不相信现马，直接拒绝服从命令。这时，炸毁客机后靠降落伞逃离的神秘女人冰川七七美回到地面与同伙汇合。他们谈起从坠毁的客机上的乘客皆川身上抢来的ID卡，而皆川正是约好几小时后采访朝仓丽的摄影师。另一方面，CTU东京本部长乡中兵辅与负责秘密调查的CTU第三支部搜查员三上彻见面，拿到了已删除所有者号码的CTU卡片。那上面记载着身份不明的内鬼记载的与丽有关的海量数据。但是，刚拿到卡片，乡中和三上就遭人枪击。现马接到乡中的电话，马上前去救援，等待他的却是令他穷途末路事态。与此同时，丽从所住的酒店失踪了。现马的女儿狮堂美有仍然下落不明，现马在公私两方面被不知就里的案件搞得团团转。好似雪上加霜似的，这样的他得到了难以置信的新情报。