秦国瘟疫流行，秦王斥责吕不韦和阳泉君，为何今日才上奏此事，两人只好辩解，本以为是普通的流民，谁也没想到竟然是瘟疫所致。秦王略一沉思，咸阳是大秦的国都，如今国都动乱，非同小可！阳泉君有意逃避，便将处理瘟疫的事务推给吕不韦，还给吕不韦戴上了高帽子，加上嬴异人，也就是嬴政的父亲，也在一旁认可吕不韦的能力，秦王便将此事全权交给吕不韦。这下子，吕不韦进也不是，退也不是，只能硬着头皮接下这个烫手山芋。

如今，咸阳城内民不聊生，只能希望神医出现，医治瘟疫之症，吕不韦听说邹衍带着徒儿来到咸阳，不禁大喜过望，准备向邹衍老先生求助。另一边，星云以琴清的身份在秦国行医救人，她本来就是一个善良的女子，看不得百姓受苦，不顾自己有被传染的危险，衣不解带地照料病人，百姓们纷纷跪下，感谢救命之恩。这天，星云正在开药方，忽然被吕不韦派人请到府中。

星云见到吕不韦府中点燃着龙涎香，不禁非常惊讶，因为龙涎香是赵国特产，十分珍贵，每年产出寥寥无几，没想到在吕府竟然得见。这时，吕不韦缓缓走出，他赞叹道，没想到大名鼎鼎的琴清神医，竟然是个年纪轻轻的小女子。星云直视着吕不韦的双眼，开口直呼他的名讳，吕不韦愣住了，他仔细打量着星云，询问她和元宗之间的关系。星云的眼睛渐渐红了，感到胸口剧痛袭来，吕不韦也非常激动。原来，吕不韦竟然是星云的亲生父亲！当年，吕不韦被迫将星云母子托付给元宗，后来相隔天涯，再也不曾相见，没想到如今却在咸阳城内见到，吕不韦分外欣喜，但星云不愿认这个父亲，在她心里，父亲抛弃妻女，不可原谅。

另一边，在乌家堡中，连晋正在磨炼兵器，指导士兵。乌堡主非常满意，他很喜欢连晋，也认可这个小伙子成为自己的女婿，奈何乌廷芳心有所属，乌堡主虽然身为父亲，也无法勉强。而此时，项少龙正在吕府中闲逛，没想到遇见了星云，他得知眼前的女子名为“琴清”，非常吃惊。赵盘晃晃悠悠也来到了咸阳，他没有要赵穆的盘缠，所以穷困潦倒。赵盘无意中得知，邹衍先生的弟子就在城内治病救人，便猜测这神医就是琴清。

在秦国王宫之中，秦王病怏怏地跌坐在地上，经过医生诊治，秦王确定患上了瘟疫，王宫顿时陷入了慌乱之中。为了平息瘟疫，秦国士兵开始在街上抓捕患病的百姓，将他们全部关押到若水村，隔离起来，赵盘虽然没有患病，但他衣衫褴褛，也被当做乞丐抓进了若水村。秦王还命令吕不韦在十天内治好瘟疫，否则贬为庶民。阳泉君得意洋洋地来宣读旨意，吕不韦气得牙根痒痒。

当星云得知百姓们被关押在若水村后，她义愤填膺，说什么也要前往村庄。吕不韦百般不愿，他可不想让爱女置身险境，但却拗不过倔强的星云。当星云在吕府内晾晒药材时，和项少龙偶遇，但是星云摆出一副冷冰冰的样子，拒人于千里之外。晒完药材，星云便启程前往若水村，项少龙护送她前行，结果意外遇到荆俊，几人还在若水村找到赵盘。。另一边，李原送给赵雅一些龙涎香，赵雅非常高兴，而赵穆却还在打着连晋的主意，希望连晋能够被自己所用。